主人公の行動次第でできることが変わる、アドベンチャーゲームライクなRPG。豊富な数のシナリオと100人以上にのぼるキャラが用意されている。「空の始まる場所」は、人々との出会いを通じて成長してゆく少年の姿を描いたフリーシナリオ型RPG。舞台は、天使や魔法が存在する不思議な世界。この世界では、「自然力」と呼ばれる力が強いほど、妖精などの不思議な生物や現象を見ることができるといわれている。
主人公「アリエル」(名前の変更も可能)は高い自然力を持っており、多くの人々には見えないものを見ることができる。アリエルは、とある教会で50日間だけ神職見習いの仕事をすることになる。神職見習いとして与えられた仕事は「みんなの相談に乗る」こと。プレイヤーはアリエルを操って教会を探索し、さまざまな人物に会い、相談に乗ることになる。
「空の始まる場所」には、やらなければならない行動や、倒すべき敵などは用意されていない。その代わり、さまざまなイベントが多数用意されている。プレイヤーは教会内を探索して出会った人の話を聞いて行動をし、相手の問題を解決することになる。相談相手の頼みを断ることも可能だ。
ただし、ゲーム内には「経過日数」と「時間」の概念があり、日時によって出会える人物やイベントが異なることもある。このため、ただダラダラと教会を歩き回っているだけではイベントをこなせない。ゲームは、教会に入ってから50日が過ぎると終了。用意されているイベントは非常に多いので、すべてのイベントを一度のプレイで見ることは不可能に近い。
時間の進み方は、(実際のプレイ時間ではなく)プレイヤーの行動で決まる。特定の人物と話したり、アイテムを探したりすると行動ポイントがたまり、一定のポイントがたまると一日が経過する仕組みだ。
プレイヤーが探索可能な教会の中は、非常に広い。プレイ開始後に行ける場所は少ないが、鍵などのアイテムを見つけたり、イベントをこなしたりすることで、探索できる場所がどんどんと増えてゆく。キッチンや寝室といった普通の部屋以外にも、特殊なアイテムを得られる「カジノ」、クリア方法によってもらえるアイテムが異なる「迷路」、手持ちのアイテムで食事を作れる「キッチン」、種を植えて作物を育てられる「農場」などがある。
普通の方法ではたどり着けない部屋も多数用意されている。見えない位置に入り口がある隠し部屋や、特定のアイテムがないと開かない部屋、イベントをこなさないとたどり着けない部屋など、たどり着くための手段もさまざまだ。
こうした「見えない部屋」に近づくために重要となるのが主人公の「自然力」。主人公の自然力が低い序盤では、見ることさえできない扉や通り抜けられない結界などが多数あるが、自然力を高めれば、行くことができなかった部屋を見ることができるようになったり、会えなかった人物と話をすることができるようになる。自然力をアップするには、相談を解決したり、特定のイベントをこなしたりすればよい。