デスクトップに手書きの文字などを書き込めるソフト。デスクトップ画面を見せながらプレゼンテーションを行う場合などに便利。「ペンワークス デスクトップ」は、タブレットやマウスを使ってデスクトップ画面に文字や図などを書き込める常駐型ソフト。書き込みを行ったデスクトップ画面は、ファイルに保存することも可能。描画モードと(通常の)Windows操作モードとは、ボタンクリックで簡単に切り替えられる。
ソフトを起動すると、タスクトレイに常駐すると同時にデスクトップにツールバーが表示される。操作はこのツールバーから行う。ツールバーの「モード切替」ボタンをクリックすると、(通常の)Windows操作モードから描画モードに切り替わり、デスクトップに文字などを書き込めるようになる。
使用できるペンの種類は「ペン」と「蛍光ペン」。太さは9段階から選択できる(ツールバーから選択できるのは5段階)。文字色は「赤」「青」「黒」「レインボー」など、9色が用意されている。ペンの種類や太さ、色の組み合わせを登録しておき、すぐに切り替えて使うこともできる。書き損じた文字は「消しゴム」で消せるほか、Undo/Redoで状態を戻すことも可能だ。
描画モードでは、デスクトップを拡大表示させることも可能。拡大率の変更はマウスのホイールで行うことができ、拡大時には画面を移動させることもできる。また、デスクトップではなくホワイトボードを表示させ、これに書き込むことも可能だ。
文字などを書き込んだデスクトップ画像は、BMP/JPEG/PNGいずれかの形式でファイルに保存できる。さらに、「○分おき」「○ストロークごと」の自動保存や、モード切り替え時の自動保存の機能も備えている。
そのほか、デスクトップを部分選択して選択範囲を移動させる機能や、保存した画像を表示する「画像ブラウズ」などの機能もある。また、タブレット使用時の筆圧感知機能や、2ボタンペンでの「消しゴム付きペン」設定機能も備える。WACOM製ボタン付き液晶ペンタブレット「DTI-520 B Model」などに対応する。