失われた過去の記憶を取り戻すために主人公が航海に出る、という設定のファンタジーRPG。「水の星」を舞台に海賊たちが暴れまわる。物語は、水の星にある小さな島からはじまる。島は2ヵ月間、強い嵐に襲われていたが、嵐が去ると一隻の海賊船が漂流していた。島の住民は海賊船の中に瀕死の男を発見し、男の命を助けて船を修理する。しかし、回復した男は過去の記憶をすべて失っていた。唯一わかるのが、着けていた指輪に彫られた「rin(リン)」という名前だけ。リンは船の燃料を手に入れ、自分の過去を取り戻すため、まずは北の島を目指して航海をはじめる……。
ゲームは「航海モード」「滞在モード」「戦闘パート」の三つに分かれている。航海モードではその名の通り、リンの海賊船を操って大海原を航海する。このとき注意が必要なのが「燃料」ポイント。船は1ドットにつき1ポイントの燃料を消費しながら進む。燃料が0になってもゲームオーバーにはならないが、持ち金が大幅に減る上、強制的に「ある場所」に流されてしまう。航海中は世界地図を参照できるので、できるだけ燃料を消費しないように旅を続けることがゲームのポイントのひとつ。
島での滞在では、一定のお金を払うことで体力を回復できたり、島の住民と話して情報交換したりすることが可能。「店」では、体力回復薬や武器、防具などを買うことができる。島によっては「給油」を行うことも可能。燃料を補給できない島もあるので、給油場所を見つけたら、できるだけ頻繁に補給しておく必要がある。
「大航海記」では、海を移動したり、イベントが発生したりすると魔物と遭遇する。この魔物を退治するのが戦闘パートだ。戦闘パートでは、「戦闘」または「技術」から攻撃方法を選択できる。「戦闘」は通常攻撃を行うもので、「技術」では特殊攻撃を行える。「技術」は通常よりも高い攻撃力で敵を倒し、敵全体にダメージを与えられるが、技力を消費するため、使える回数に制限がある。
戦いに勝利すると、一定の確率で敵の魔物を「聖獣」として仲間に引き込める。仲間になった聖獣は戦闘になるとランダムに現れて、敵への攻撃を援助したり、味方を回復させたりしてくれる。ただし、受け入れられる聖獣の数は3匹まで。3匹を受け入れた状態で新しい聖獣を引き取ると、もともといた聖獣を手放さなくてはいけなくなる。聖獣は敵からの攻撃を受けない代わりに成長もしない。そのため、できるだけ強い敵と戦って、強い聖獣を手に入れることが、ゲームの後半を有利に進めるカギになる。
魔物を倒すとキャラクタの「賞金」ポイントが増え、一定以上の賞金額になると「階級」が上がって基本ステータスが強化される。