事故で飛べなくなってしまった空飛ぶお店を空に帰すために主人公が活躍するポリゴンアクションRPG。「パポタ 〜へたれ魔導屋〜」は、美少女の主人公キャラが活躍する見下ろし型の3DポリゴンアクションRPG。主人公は魔導屋「パポタ」の店員、ティル。プレイヤーはティルを操作して、さまざまな魔法を駆使してモンスターと戦い、アイテムやお金を手に入れ、空飛ぶお店を修理するのに必要な資材を獲得することが目的。
ティルは魔導屋の店員だけのことはあり、「魔法石」の力を利用して魔法を使うことができる。手持ちの魔法石(使用できる魔法)は、光の弾で攻撃する「フォトン」、電気で痺れさせる「スパーク」、氷の槍で貫く「スピア」など、全部で10種類。この中から3種類を選択・装備することで、魔法を発動することができる。これらの魔法と前後左右への移動、ダッシュ、ジャンプなどを駆使してモンスターと戦い、ティルをレベルアップさせるとともに、モンスターの落とすアイテムやお金を集めてゆく。アイテムはマップ上にランダムに落ちていることもある。
獲得したアイテム(素材)を「パポタ」に持ち帰り、もうひとりのメインキャラであるロットンさんに渡すと、「傷薬」や「特効薬」などのほか、魔法石の能力を高める「魔力増幅」や「威力増幅」などのアイテムを作ってもらうことができる。この増幅アイテムと魔法石を魔法鍋で煮込むことで、任意の魔法石をパワーアップすることができるようになる。
ゲーム開始時にプレイできるマップはひとつだけだが、最初のマップで「堅くて軽い素材」と「浮遊石」の2種類のアイテムを入手し、「パポタ」の浮動機のパネルを修理できると、プレイできるマップの数が増える。「パポタ 〜へたれ魔導屋〜」にはエンディングというものはなく、今後、プレイできるマップやイベントが随時追加されていく。
キーボードまたはゲームパッドでプレイすることが可能。設定により、MIDI再生のON/OFFを変更できるほか、画面モード、描画クォリティ、カメラの視点、キーコンフィグなどを変更することもできる。