中に書かれた数字をキーに、水中に浮かぶ泡を消してゆく“浮きモノ”パズル。美しい海中の景色を描いた背景画と、ゆったりと流れるBGMが印象的な“なごみ系”のゲームだ。「DEEP OCEAN 2000」は、2個1組で次々と現れる泡を打ち上げ、泡の中に書かれた数字を、周りを囲む泡の数と一致させて泡を消してゆくパズルゲーム。泡の中の数字と周囲の泡の数が一致すると数字が減り、数字が0になると泡が消滅する。いわゆる落ちモノ系パズルの上下を逆にした構成だが、基本的な遊び方は落ちモノ系と同じだ。
泡の消え方は、慣れないうちはややわかりにくいが、ルールそのものはさほど複雑ではない。例えば「3」と書かれた泡が縦・横・斜めのうち3方向で他の泡と接したときに「数字が周りの泡の数と一致した」ことになる。この状態のとき、「3」が「2」になると同時に、接していた3個の泡に書かれている数字もそれぞれ1ずつ減る。数字が変化したことで新たに「数字が周りの泡の数と一致する」条件を満たす泡ができると、その泡と周囲の泡の数字も減るという連鎖反応が起きる。数字が「0」になると泡は消滅し、消滅した泡の数が得点に反映される。消されずに残った泡が最下段に達するとゲームオーバーになる。
最下段に出てくる泡の並びは【↓】キーで上下左右を入れ替えられる。【←】/【→】キーで位置を決め、【↑】キーまたはスペースキーで泡を打ち上げる。よくある落ちモノパズルと違うのは、プレイヤーの意思で打ち上げ動作を行わない限り、泡が上昇していかないこと。したがって焦ることなく、上層に積み重なった泡の配置や、右側に表示される次の泡を考慮しながら、じっくりと考えた上でゲームを進めていくことができる。
ゲームが進んでレベルが上がると、大きな数字の書かれた泡が出現するようになってくる。数字が大きければ、泡を消す手数が増えるため、自然と難易度も上がる。ゲーム開始時に「レベル1」「レベル50」「レベル100」の3種類からレベルを選択できるようになっている。レベルが一定以上上がると背景が変化し、魚が気持ちよさそうに泳ぐ涼しげな海中風景をいろいろと楽しむことができる。