マウスクリックだけでプレイできるシンプルなパズル。画面上に並んでいるカラフルな「みずだま」をクリックで消していき、スコアを競う。「みずだまあつめ」は、ステージ上にたまっていく5色の「みずだま」をマウスでクリックして消していくシンプルなパズルゲーム。ゲームの目的は、「みずだま」が画面の一番上まで届かないように気をつけながら、なるべく多くの「みずだま」を消すこと。縦・横・斜めに同色の「みずだま」が並んでいれば、どれかひとつをクリックすることで、そのすべてを一気に消すことができる。
得点は「みずだま」を1個消すと10点、2個消すと40点、3個消すと90点というように「一度に消した数の自乗×10点」の割合で増えていく。そのため、一気にまとめて消した方が高得点につながる。ただし、「みずだま」を1個消すたびに画面右にある「BoTTomメーター」のレベル(小さなみずだま)が1増え、これが5を越えると(つまり「みずだま」を6個消すごとに)新しい「みずだま」が1段せり上がってくる。したがって、まとめて消すと、かえって「みずだま」の高さが増してしまい、一気にゲームオーバーになってしまうことがある。
ちなみに、一度に4個の「みずだま」を消した場合、BoTTomメーターは3しか上昇しない。これをうまく使うと「みずだま」がせり上がるタイミングを調節できる。
画面右側には、BoTTomメーターのほかに、ScoRe(現在のスコア)、BoNus(直前に消した「みずだま」による獲得ポイント)、ToTaL(これまでに消した「みずだま」の累計)、MaX(一度に消した連鎖の最大値)が表示される。
初回起動後に作成される「mizatume.ini」の数値を編集することで、ウェイト時間を1(速い)〜64(遅い)の範囲内で調節することが可能だ。