ProbeQuest Assistant

エクソン・ジャンクション、制限酵素認識部位などを読み取り


ソフト詳細説明

ProbeQuest Assistantは、ProbeQuest(http://probequest.net/)を用いてプローブ・プライマーを設計する際に必要となる入力ファイルを作成するためのツールです。ProbeQuest Assistantにより、以下のことが可能となります。

1) ゲノムのGenBank形式フラットファイルから下記を出力。
・エクソン・ジャンクション部位リスト
・ゲノム配列FASTAファイル」
・(指定した上流/下流配列つきの)遺伝子配列FASTAファイル

2) GenBank/DDBJ/EMBL形式フラットファイルから下記を出力。
・配列FASTAファイル
・(CDS、多型部位などの)特定領域リスト

3) BLASTデータベースファイルをFASTAファイルに変換。
* ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/blastdb.txt参照

4) 制限酵素認識部位を検索。

5) 位置情報つきマルチプルアラインメントを作成。

動作環境

ProbeQuest Assistantの対応動作環境
ソフト名:ProbeQuest Assistant
動作OS:Windows XP/2000
機種:汎用
種類:フリーソフト
作者: (株)ダイナコム 

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認識  部位  酵素  ジャンクション  エクソン 


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