ソフトを利用するには、まず対象となる外部記憶メディアにインストールする必要がある（空き容量が8MB程度必要）。同梱されている「maker.exe」で、メディアのドライブレターや暗号化対象フォルダを指定すると、クライアントソフトが外部記憶メディアにインストールされるようになっている。

クライアントソフトの初回起動時に、暗号化/復号化のためのパスワードを設定する。以降、外部記憶メディアにインストールされた「client.exe」（初期状態ではUSBDRIVESECURETOOLフォルダ内）の起動時にパスワード入力が求められ、パスワードが正しければ復号化処理が行われる仕組み。

暗号化は、client.exeが起動している（復号化が行われた）状態で対象フォルダにデータを入れ、タスクトレイアイコンをクリックするだけ。暗号化が完了するとclient.exeは自動終了する。このとき、外部記憶メディアを自動的に取り外すことも可能。暗号化の処理はファイルサイズによって変わり、当然ファイルサイズが大きいほど時間がかかる。

暗号化されたファイルは拡張子がMSUSに変わり、クライアントソフトがインストールされたフォルダに移動される。これにともない、暗号化対象フォルダの中は空になる。MSUSのファイルはエクスプローラなどから見ることはできるものの、ファイル自体にはアクセスできないようになる。これらの暗号化対象のフォルダや、暗号化ファイルの保管フォルダを変更することも可能。暗号化後にパスワードを表示するかどうかも変更できる。