瀕死の重傷を負った少年は不思議な少女に命を救われ、巨大な竜の操縦者に

「伝奇巨大ロボットロマン アトの世界」は、「巨大兵器の襲撃に巻き込まれた一人の少年が巨大ロボットを操り、世界を救う」という設定のビジュアルノベル。100枚を超える豊富なイベントCGとともに、五皇とデシメーター、そして主人公と彼が乗り込む巨大ロボットの戦いが描かれる。デシメーターオロチとの長きに渡る戦いに終止符を打ち、カムスサオノミコトを操る人柱の美少女を救えるか？

物語の主人公は、愛知県小牧市に住む16歳の少年「中嶋裕也（ナカジマ・ユウヤ）」。小牧中央高校に通う、ごく普通の高校生だったが、突如襲来した巨大兵器の攻撃により学校は壊滅。友人は即死し、ユウヤ自身も瀕死の重傷を負ってしまう。

そんなユウヤの前に「アト」と名乗る、10歳くらいの少女が現れる。少女の口から出た言葉は「助かりたいか？」
アトは、瀕死のユウヤを一瞬で全快させてしまう。巨大兵器の襲撃により死傷したすべての人を助けてもらうことと引き替えに、アトの条件を呑むことを決意するユウヤ。条件とは、アトの分身である巨大な真っ白い竜「エピゴノス」を操り、世界中に散らばる「デシメーター」と呼ばれる巨大兵器と戦うことだった……。

ヒロインのミコトをはじめ、数多くの個性的なキャラが登場

ヒロイン「飛来命（ヒライ・ミコト）」は17歳。長い黒髪の、眉は少し太めだがキリリと締まった美人。小学校から大学までの一貫教育を行う「飛来学園」の理事長兼生徒会長を勤める。先代理事長であった両親を早くに亡くし、15歳で飛来家の家督を継いだ。当主として、末端まで含めれば10万人ものグループを束ねる。

さらに飛来家は、有史以前より世界を統べる「五皇」のひとつに数えられる。歴史の表舞台には立たないものの、世界の金や銀、原油やドルの価格は毎朝行われる五皇の会議で決定される。エピゴノスと同様の存在である柱神「神須佐能袁命（カムスサノオノミコト）」の人柱（操縦者）としての定めも負い、オロチと呼ばれるデシメーターと戦う。

「アト」は一見、10歳くらいのあどけない少女だが、実はエピゴノスの精神体が実体化した存在。指を鳴らすだけで、1万人もの死傷者を復活させる力を持つ。なぜかユウヤにエピゴノスの操作をまかせ、デシメーターと戦うことを求める。

「スサノオ」は、身長190cmはあろうかという大男。肌は褐色、髪は銀髪、瞳はブルーで、日本人離れした風体。その正体は柱神「神須佐能袁命（カムスサノオノミコト）」の精神体が実体化したもの。

「ジェームス・ハムリン」は、飛来学園初等部の生徒。金髪で青い瞳をした、年の頃10歳くらいの少年。主に重粒子の研究をしている。

「ソフィア・ロマーノヴナ・マルメラードワ」は、ロシア・ペテルブルグ出身の美人。蒼い瞳に真っ白な肌、明るいブロンドで、妖精のような姿をしているが、中身はかなりオッサン臭い。ミコトと同じ研究室で、主に暗黒物質と暗黒エネルギーの研究を行う。