依頼を請け負った女性ハンターが、事件を解決していくシミュレーションRPG。「Hunter29」はその名の通り、“ハンター”となって事件を解決していくシミュレーションRPG。ハンターとは、さまざまな人物からの依頼を請け負い、報奨金で生活している人物のこと。プレイヤーは、女性ハンターの「セフィーネ」を操作し、相棒の「秘書」とともに事件を解決していくことになる。
メイン画面から移動できるのは、装備品や薬草などを購入できる「ショップ」、必殺技などを覚えられる「技・魔法を習得する」部屋、「ハンター事務所」の3ヵ所。特に重要なのがハンター事務所。7人の受付嬢がおり、受付嬢の前に立つことで依頼を受けられる。依頼の難易度は星印の数で表示される。最初は印の数が少ない依頼を消化するのがポイントだ。
依頼をこなし、特定の条件を満たすとエンディングを見ることができる。「Hunter29」の「29」はエンディングの種類のこと。プレイヤー次第で、主人公が29通りの人生を歩めるようになっている。エンディングは、選択した依頼や、特定の条件で発生する選択肢などで変化。勇者や犯罪者など、幅広い結末が用意されている。
エンディングは比較的短時間で迎えられる。集めたアイテムや装備、お金、ステータスは2周目以降に持ち越すことが可能で、最初のプレイでは倒せなかった敵も、繰り返しエンディングを迎えることで倒せるようになる。
戦闘パートは、ターン制のタクティカルシミュレーション方式。プレイヤーのターンでは、セフィーネの移動や戦闘を行える。セフィーネを敵に隣接させると攻撃が可能になる。「技・魔法」「装備」の変更、「アイテム」の使用といった行動も用意されている。ミッションによっては味方キャラが協力してくれることもある。その場合は、プレイヤーが味方キャラも操作することになる。
敵を倒すと、経験値、お金、オリジンポイントを入手できる。経験値がたまると、魔法や必殺技の発動に必要なSPの上限がアップするほか、さまざまなステータスが上昇する。ただし、経験値を得るだけではなかなか強くなれない。セフィーネをさらに強化するには、敵を倒した際に手に入る「オリジンポイント」が重要。オリジンポイントを消費することで、「力」「特殊能力」「すばやさ」「体力」「HP」の5種類のオリジンを購入できる。オリジンを使えばステータスが上がる。
お金がたまると、ショップで防具や武器を購入できるほか、「技・魔法を習得する」部屋でスキルを覚えることもできる。技や魔法は戦闘において重要な意味を持つ。通常攻撃を行う場合は敵に隣接しなければならないが、魔法や必殺技は遠距離から相手を攻撃できる場合もある。また、通常攻撃を行ったあと敵が生き残っていると、相手からカウンター攻撃を受けてしまう。しかし、魔法や必殺技ではカウンターを食らう心配がない。ただし、強力な魔法や必殺技はその分高価。たくさん敵を倒してお金を稼いでおきたい。
依頼は多種多様なものから選べる。最初は「モンスター退治」といったオーソドックスなものしかこなせないが、力がついてくると、「脱獄の手伝い」のような一風変わった依頼をされることもある。依頼の中には、パズルや謎を解決することが目的の「敵が一切出現しないミッション」も用意されている。
ミッションは、ストーリー性のあるシリアスなものやギャグタッチのもの、複数のステージを組み合わせたシリーズものなど、内容はさまざま。ゲーム内では50以上のミッションが用意され、バラエティ豊富な内容となっている。