敵の激しい攻撃をかいくぐり、フルーツを集めてパワーアップしてゆくファンタジーシューティング。「モグラリバース2」は、大好物のイチゴを世界各地で集めることが目的の横スクロール型シューティングゲーム。行く手に立ち塞がるアニマルやロボット、ボスたちを撃破しながらイチゴを集める。「モグラリバース」の後継作にあたり、前作の爽快さはそのままに、さらに進化を遂げた。必殺技の採用や画面デザインの強化など、前作以上に派手なゲームに仕上がっている。
プレイヤーが操るキャラは超時空型モグラの「たろう」と「じろう」。兄の「たろう」は「8方向攻撃タイプ」。パワーアップすると、自分の周囲8方向にショットを発射できるようになる。攻撃方向に死角がないため、初心者でも使いやすい。特殊操作の攻撃では、すべてのショットを前方に集中させることもできる。
弟の「じろう」は、「分身強化攻撃タイプ」。パワーアップするたびに1機ずつ分身の数が増えてゆく。分身を含め全員で一斉に前方を攻撃できるため、圧倒的な火力を持つ。その代わり上・下・後方など、前方以外の方向に対する攻撃は苦手。総合的な使い勝手は「たろう」よりもやや劣る。特殊操作キーを使用することで分身の攻撃方向を変化させることはできるが、即座に思った方向を狙えるようになるにはやり込みが必要。操作に習熟した上級者向けキャラだ。
操作は、キーボードおよびジョイパッドに対応。キーボードでは、【Z】/【X】/【C】/【Ctrl】キーがそれぞれ「攻撃」「バリヤー」「必殺技」「特殊操作」に対応する。通常攻撃は、「たろう」「じろう」いずれも最初は前方に対するシンプルなショットだが、特定の敵を倒したときに出現する「スイカ」を取ることで、段階的にレベルがアップする。ショットがレベルアップしている間は、「特殊操作」を押すことで発射方向を変化させられる(「じろう」の場合は、カーソルキーを使って攻撃方向を指定する必要がある)。
「バリヤー」は、自機を囲む光の輪。使用中は敵の弾やレーザーなどの攻撃をガードできる。ただし、地形や敵本体など物体と衝突したときのダメージはガードできない。バリヤー使用中はバリヤーゲージが消費され、ゲージが空になると使えなくなる。バリヤーゲージは時間とともに自動で回復する。敵の攻撃をガードした場合は、必殺技ゲージが上昇する。耐久力の高い敵弾やレーザーをガードすると「フラッシュガード」になり、必殺技ゲージは大幅に上昇する。
「必殺技」は文字通り、モグラたちの最強の攻撃技。10個のイチゴを消費することで巨大な光の玉を発射できる。この玉は破壊力があるだけでなく、敵の弾を消すことも可能。効果的に使えば、戦いをかなり有利に進められる。ただし、イチゴタンクにはイチゴを99個までしかためることができない。無駄撃ちは禁物だ。
必殺技は、レベルを2段階上げることができる。1段レベルが上がるごとに玉の大きさが増し、耐久力と攻撃力が大幅にアップする。必殺技のレベルを上げるには「ブドウ」を取るか、敵の攻撃をガードする必要がある。
前作「モグラリバース」は二人同時プレイが可能だったが、「モグラリバース2」は1プレイヤー専用。プレイヤーは、ゲーム開始時に「たろう」「じろう」のどちらを使用するか選択する。セーブは、各ステージ最後に登場するボスキャラを倒した時点で自動的に行われる。途中で中断しても、次のプレイで「つづきから」を選択すれば、続きのステージからプレイすることが可能。このときに、キャラを変更することもできる。