格闘ゲーム風のアクションでゲームを進めていくRPG。戦い方が異なる二人の少女を使い分けられる斬新な格闘システムが特徴。「零の刻」の舞台は、長期にわたる内戦が10年ほど前に終結し、現在は平和になった「クラウジス帝国」。この平和の影には、4人の少年少女たちの活躍があった。彼らは、戦争の再発を望む高官や不正を行う悪人などを暗殺する仕事を請け負っていた。
ゲームの主人公は、明るく単純な少女「クワンテティ」と、思慮深い双子の姉「クオリティ」。プレイヤーは彼女らを操作し、「師匠」と呼ばれる謎の男性から与えられる任務をこなしていく。任務の結果に応じて評価値が与えられ、評価値に応じて報酬をもらえる。報酬はアイテムや装備の購入に利用できる。
大きな特徴が敵との戦闘だ。戦闘画面は1対1の横視点型で、画面下にお互いの体力ゲージが表示される格闘ゲーム風。基本的な戦い方はシンプルで、【←】/【→】で左右移動、【↑】でジャンプ、【↓】でガードを行い、【Z】キーで攻撃する。【Z】キーの長押しでパワーをためて「錬気攻撃」を行ったり、【Z】キーをタイミングよく連続で押して「コンボ」を発動することも可能。敵の体力ゲージを0にすれば勝ちとなる。
戦闘時以外の任務時には、操作キャラクタを随時変更することができる。クワンテティは体力が高くて接近戦に強く、クオリティは攻撃力が高いが移動速度が遅いという特徴がある。自分が使いやすいキャラクタを利用するのがポイントだ。通常攻撃時のコンボはクワンテティが最大5回、クオリティが最大3回となっている。
【Z】+カーソルキーで発動する「必殺技」も用意されている。二人が習得できる必殺技はそれぞれ10種類近く。あらかじめフィールド上で【X】キーを押して、利用したい技を必殺技表で設定する。必殺技には何度でも利用できる通常の技と、「奥義」と呼ばれる破壊力の高い技がある。奥義の発動には、体力ゲージ下にある青い「APゲージ」が100消費される。APゲージは敵を攻撃したり、敵からの攻撃を受けることでためられる。
敵は、攻撃を受けると青色の「ディフェンシブカウンター」ゲージがたまり、ゲージがたまるほど、敵に与えられるダメージは小さくなってしまう。ゲージは攻撃を中断すると減るため、満タンになってしまった場合は、攻撃の手を一度休めることで、効率的に敵を倒せる。
難易度は「EASY」から「HARD」までの3段階。「HARD」では敵の体力がかなり上がるほか、毒や麻痺、飛び道具といった多彩な攻撃をしかけてくるため、ガードが重要になる。敵の攻撃が当たる瞬間に【↓】をタイミングよく押し、「プロテクトガード」や「オーラガード」で、ダメージを確実に防いだ上で反撃すればよい。