表示可能なモデルは、

• ポピュラーな球と棒によるモデル（Ball and Stick）
• van der Waals半径の球で各原子を表現した空間充填型のモデル（CPK （Space Filling））
• 球の径が棒と同じスティックモデル（Stick）
• 結合を線のみで描画したワイヤモデル（Plain Wire）
• 溶媒排除表面を表すドットと分子の骨格を表すワイヤによるモデル（Dot Surface and Wire）
• タンパク質の二次構造を色分けして表示するモデル（Wire （colored by Secondary Structure））

モデルは、画面のマウスドラッグなどで自由に回転させることが可能。X軸/Y軸を中心に自動回転させることもできる。また、分子の基準振動のアニメーション表示機能もある。表示モデルの球や棒の色、径、背景色などはユーザがカスタマイズすることが可能。分子の自動回転速度も変更できる。

表示中のモデルは編集することが可能。原子の移動や消去、原子の種類の変更、結合の追加や切断などを行えるほか、水素原子をメチル基やフェニル基などで置き換えることもできる。また、追加でPDBファイルを読み込み、現在表示中のモデルと結合することで、小さな分子を組み合わせた複雑な分子モデルを構築することも可能だ。

なんといっても、分子モデル同士を次々と結合して、大きな分子構造に組み立てていけるのは便利である。PDB形式のファイルの読み書きができるため、データの互換性もまず問題ないだろう。

表示される分子モデルのグラフィックも非常にきれいだ。モデルの表示形式も豊富で、また原子や結合の色や径などをカスタマイズできるのはうれしい。分子モデルの回転も非常に滑らかである。

開発中に苦労した点
複雑な分子のモデリングには、分子軌道法や分子力学などによる構造最適化との連携が不可欠です。「Facio」では、「GAMESS」という分子軌道法のプログラムとの連携を図り、計算で得られた最適化構造を「Facio」のモデルに直ちに反映させることを行っていますが、スムーズに連携させる点に苦労しました。

複雑で巨大な分子を組み立てるために導入した機能が、すでに表示されているモデルの上に、二番目の分子のモデルを読み込む機能です。他のモデリングソフトでも同様の機能を持つものがありますが、「Facio」では、読みこんだ二番目の分子の相対的な位置や角度を微調整できる点が特徴です。二つのデータを融合すると同時に、二番目の分子のデータ部分を区別して保持しておく点が難しかったところです。

モデリング以外では、分子の座標や結合情報のフォーマットとしてPDB（Protein Data Bank）を採用している関係上、タンパク質や核酸の構造もきちんと表示できなければ不十分だと思い、これらの生体高分子の取り扱いにかなり時間をさきました。タンパク質や核酸のPDBファイルは、もともと実験的に求めた構造データであるので、欠落した部分があったりして非常に複雑で、自動で解析させるのには苦労しました。しかし、この点では、まだまだ「RasMol」にはかないません。

今後のバージョンアップ予定
分子軌道の3D表示機能を実装する予定です。