デフラグやスキャンディスクを快適に実行できる環境を提供してくれるユーティリティ。「すっきり!! デフラグ」は、Windowsに付属するデフラグやスキャンディスク(Windows XP/2000/NTではチェックディスク)を、常駐プログラムが少なく、空きメモリの多い最適の状態で実行する機能を備えたソフト。常駐プログラムなどのない環境でデフラグなやスキャンディスクを実行できるため、処理スピードが速く、処理途中で中断する可能性も低くなる。また、より多くのファイルをハードディスクの最適な位置に移動することができる。デフラグやスキャンディスクを自動実行させ、終了後にWindowsを自動終了する機能も備えている。
用意された設定モードは、詳細な動作設定が可能な「ノーマルモード」と、対話式で動作設定できる初心者向けの「ウィザードモード」の2種類。いずれのモードも、設定後に実行するとWindowsを再起動し、システムトレイに常駐するプログラムや、スタートアップに登録したプログラムが起動する前に、デフラグやスキャンディスクを実行する(「すっきり実行」と呼ばれる)。
「ウィザードモード」は、必要最低限の機能を解説付きの対話形式で実行できるモード。選択できる内容は「デフラグ」「スキャンディスク」「スキャンディスク→デフラグ」「他のプログラム」の4種類。「他のプログラム」では、ユーザが任意のプログラムを指定して「すっきり実行」を行うことができる。
「ノーマルモード」では「ウィザードモード」でできることに加え、ダイアログボックスの下半分に表示されているタブを切り替えて動作を詳細に設定することが可能。用意されたタブは「詳細設定」「すっきり実行の方法」「トラブル解決」など、計7種類。
「詳細設定」では、実行前(Windows再起動前)に「ごみ箱」を空にしたり、一時保存先フォルダを空にしたりなど、より快適な環境で「すっきり!! デフラグ」を実行できる方法を指定できる。
「すっきり実行の方法」では、Windowsシェルの状態や常駐タスクの除去など、「すっきり実行」動作時の環境を選択する。「すっきり!! デフラグ」実行時の状態を、(1)すっきり実行を行わず即再起動を行う、(2)シェル起動前に実行、(3)常駐タスクを除去してシェル起動前に実行、(4)シェルを入れ替えて実行、(5)セーフモード+シェル入れ替え(Windows 98/95のみ)で実行の5通りから指定して実行できる。
「トラブル解決」では、「すっきり!! デフラグ」を実行した結果、Windowsに不具合が起きたときのレスキュー機能を実行できたり、アイコン/フォントキャッシュを再生成できる。
そのほかのタブでは、デフラグやスキャンディスクを行った履歴の参照、「すっきり!! デフラグ」のコンテキストメニューなどへの追加、スクリーン保護機能などのアドオンツールを利用する/しないの選択などが可能だ。