「Violent Witches」はその名の通り、“魔女”を題材にしたファンタジーRPG。舞台は、人間たちが自分たちよりも大きな力を持つ魔女を恐れ、魔女の可能性がある女性を「魔女狩り」と称して殺している世界だ。主人公は、暗い過去を持つ青年「フランク」。幼いころは姉がいたが、その姉は魔女と疑われて牢に閉じ込められていた。見かねたフランクは、姉を牢から救い出して二人で逃亡を図る。逃亡中、フランクたちは偶然にも本物の魔女に出会い、魔法を使っているところを目撃してしまう。「見られたからには生かしておけない」と告げる魔女に対して、フランクの姉は自分の命を差し出し、弟を助けた。
直後に、フランクは村人たちによって見つけられるが、そのとき姉の亡き骸の横にいたため、フランクは「子どもながら魔女を殺した英雄」として町の人々から賞賛されることになる。
姉の死から数年後、大人になったフランクは魔女を憎み、魔女と疑われた女性を殺す「魔女狩り」を生業として生きていた。しかし、ただの人間でしかないフランクが殺せるのは、所詮力を持たない――実際には魔女でない――女性ばかり。そんな主人公の前に、本物の魔女が現れる。「本物の魔女を倒す力をあげる」と告げる魔女から、フランクは「魔宝玉」と呼ばれる三つのアイテムを受け取る。フランクは魔宝玉の力を使って、この地に存在する6人の魔女と戦うことを決意する。